Genom 3–2-segern är Ghana utslaget ur mästerskapet i Kamerun.
Komorerna, som bara har 870 000 invånare, får nu vänta till på torsdag för att få veta om man är ett av de bästa treorna i gruppspelet som tar en plats bland de 16 lag som går vidare.
– Vi fortsatte pressa på, även efter att Ghana kvitterat. Vi trodde verkligen att vi kunde ta en stor seger för vårt land, säger förbundskaptenen Amir Abdou.
– Jag skickade upp spelare i anfallet i tron om att kunna göra ett tredje mål och mitt beslut betalade sig.
Ghana har vunnit Afrikanska mästerskapet fyra gånger.