Ytterligare tre civila har skadats.
"Säkerhetsstyrkorna räddade och tog ut många andra civila från huset och andra byggnader i närheten under attacken", uppger regeringen.
Jihadistgruppen har också tagit på sig attacken.
Regeringen i Mogadishu har rönt militära framgångar mot extremiströrelsen, delvis med hjälp av amerikanskt flygunderstöd och markstöd från Afrikanska unionen. Men al-Shabaab, som har kopplingar till terrornätverket al-Qaida, kontrollerar områden på den somaliska landsbygden.