Militären har i månader försökt inta staden Haradhere i provinsen Galmudug, men först nu lyckats, i vad premiärminister Hamza Abdi Barre kallar "en historisk seger".
"De modiga medlemmarna av våra väpnade styrkor har förstört vår nations fiende och befriat den strategiska hamnstaden", säger han i ett skriftligt uttalande.
Staden, 50 mil nordost om Mogadishu, uppges ha varit en viktig ort för al-Shabaab, som intog den 2010. Medlemmarna i terrorrörelsen hade dock flytt staden när regeringsstyrkorna till slut kunde ta kontroll över den.