Enligt nyhetsbyrån finns inga uppgifter om att han är sjuk.
Hälsominister Katsunobu Kato säger att han inte är oroad över Abes hälsa.
– Allt jag vet (om detta) kommer från medierapporteringen. Och jag förstår det som att det rapporterats som en rutinkontroll, säger han.
Uppgifterna om sjukhusbesöket kommer sedan en del japanska medier de senaste veckorna spekulerat om premiärministerns hälsa, bland annat med hänvisning till hans gånghastighet. Akira Amari, som sitter med i det styrande Liberaldemokraternas skatteexpertgrupp, har uttryckt oro för att 65-årige Abe kan lida av utmattning med anledning av den extra börda det inneburit att hantera coronapandemin.
– Jag tycker att han borde ta en paus, sade Amari i ett nyhetsinslag i tv i söndags.