Under nedstängningen måste medborgarna stanna inom 500 meter från sina hem, men får resa till arbetsplatser där viss begränsad verksamhet kan fortsätta.
Skolor och köpcentrum kommer att hållas stängda, medan mataffärer och apotek förblir öppna. Inom den offentliga sektorn dras personaltätheten ned.
De nya restriktionerna godkändes sedan antalet smittade i virussjukdomen covid-19 ökat de senaste veckorna, vilket lett till kritik mot premiärminister och Likudledaren Benjamin Netanyahus sätt att hantera viruskrisen och ekonomin.
Nedstängningen gäller under de judiska högtiderna rosh hashana och yom kippur.
– Jag vet att dessa åtgärder tarvar ett högt pris av oss alla. Det blir inte de slags helgdagar som vi är vana vid. Och vi kommer förvisso inte att kunna fira med våra storfamiljer, sade Netanyahu i ett tv-tal på söndagskvällen.