Enligt den israeliska militären dödades soldaten vid en vägspärr i samband med att skottlossning utbrutit "med palestinska terrorister".
Militären uppger att två palestinska upprorsmän närmade sig vägspärren och började sedan skjuta med automatvapen mot soldaterna, som då besvarade elden.
Den israeliska soldaten som dödades var 30 år.
Den palestinska sjukvårdsmyndigheten bekräftar att "två unga män dött martyrdöden" i sammandrabbningar nära vägspärren norr om Jenin. Enligt myndigheten är de döda en 22-årig man och en 23-årig man.
De senaste månaderna har våldet trappats upp i och runt Jenin, som utgör ett fäste för flera väpnade islamistgrupper.