Det uppger juntan i ett uttalande.
Dagen före nyårsafton dömdes 46 soldater till 20 års fängelse vardera medan tre soldater i sin frånvaro dömdes till döden.
Domarna spädde på det diplomatiska bråk som ledde till att västafrikanska Ecowas sade att samarbetsorganet skulle införa sanktioner mot Mali om soldaterna inte släppts före årsskiftet.
Trots att det inte skett meddelade Ecowas i onsdags att de höll inne med sanktionerna, och i stället skulle försöka medla mellan länderna.
De berörda soldaterna flögs i juli i fjol till Mali som stöd åt de tyska förband som deltar i FN:s fredsbevarande insats i landet. Men de greps strax efter att ha landat i Malis huvudstad Bamako, stämplades som legosoldater och anklagades för att försöka underminera säkerheten.