Beskedet kommer efter att paret nyligen undertecknade ett mångårigt avtal med strömningstjänsten Netflix om att producera innehåll i form av dokumentärer, spelfilm, tv-serier och barnprogram.
Återbetalningen bekräftas av en talesperson för hertigparet.
"Detta tillskott som från början erbjöds av prins Harry täcker helt de nödvändiga renoveringskostnaderna av Frogmore Cottage, en fastighet som ägs av hennes majestät drottningen och som kommer att förbli hertigparets residens i Storbritannien", meddelas i ett uttalande.
Redan i våras när hertigen och hertiginnan av Sussex lämnade sina kungliga plikter stod det klart att de båda ville betala tillbaka renoveringspengarna. Paret, som behållit sina titlar, är numera bosatt i Santa Barbara i Kalifornien.
Nyheten om Harry och Meghans önskan att lämna det kungliga livet slog ned som en bomb den 8 januari i år. Orsaken till beslutet – kallat Megxit i brittisk press – uppges ha varit starkt kopplad till deras inställning att medierna varit alltför närgångna gentemot dem.