I samband med suspenderingen, som beslutats av landets högsta appellationsdomstol Superior Tribunal de Justiça, har federal polis gripit 17 personer och genomfört 72 husrannsakningar i fastigheter tillhörande personer med kopplingar till Witzel, uppger åklagare.
Korruptionsanklagelserna mot Witzel gäller offentliga medel som varit öronmärkta för att användas i bekämpandet av coronapandemin.
Han var tidigare allierad med president Jair Bolsonaro men har blivit alltmer kritisk mot presidenten, bland annat angående vilken strategi mot pandemin som är den rätta.