Våldtäkten ägde rum under knivhot i juni 2004, i samma område som Madeleine McCann försvann.
Flickan försvann från ett hotellrum i Praia da Luz i Algarve medan hennes föräldrar åt middag med några vänner. Åklagaren som utreder fallet har sagt att allt talar för att flickan är död.
Den man som misstänks för att ha fört bort Madeleine McCann avtjänar för närvarande ett fängelsestraff för narkotikabrott i Kiel.