Beslutet hade överklagats av Navalnyjanhängare, som vill att ryska myndigheter utreder förgiftningen.
Den tidigare instansen hade laglig grund för att inte utreda saken, slår domstolen fast, rapporterar ryska nyhetskällor. Den första instansen hävdade att det saknades bevis för att ett brott begåtts.
Navalnyj blev akut sjuk under en flygtur från Tomsk i Sibirien i augusti i fjol. Efter att ha vårdats på sjukhus i Tyskland, där det konstaterades att han förgiftats av nervgiftet novitjok, återvände han hem till Ryssland den 17 januari.
Han greps direkt på flygplatsen och fick därefter en villkorlig dom omvandlad till fängelse med motiveringen att han brutit mot anmälningsplikten under sin tid i Tyskland.