Sedan maktövertagandet den 18 augusti har Keïta och flera av landets tidigare politiska ledare suttit inlåsta på en militärbas utanför huvudstaden Bamako.
– Han frigavs i morse och har återvänt till sitt hem, säger en talesman för juntan.
Enligt nyhetsbyrån AFP uppger en anonym släkting till Keïta att han återvände hem under natten till torsdagen.
Omvärlden, däribland Afrikanska unionen, EU och flera grannländer, har uttryckt krav på Keïtas frigivande. Den tidigare presidenten vann valet 2013 stort och fick fortsatt förtroende 2018. Statskuppen kom efter stora protester i Mali, protester som pågått sedan början av juni mot bland annat utbredd korruption och ett förvärrat säkerhetsläge.