Beslutet ingår i presidentens försök att göra en helomvändning efter att förre presidenten Jair Bolsonaros i stor omfattning tillåtit exploatering av områden vid eller i Amazonas.
Högerpresidenten Bolsonaro lovade också att "inte ge en centimeter" av land till urbefolkningen, vilket Lula da Silva gick till val på att ändra.
– Det kommer att ta tid, men vi ska se till att så många reserverat som möjligt blir lagstadgade, sade Lula da Silva när han skrev under dekretet.
Det största området i norra Amazonas, nu kallat Unieuxi, tilldelas 249 personer som tillhör folkgrupperna Maku och Tokano.
Beslutet är också ett försök att stoppa skogsavverkning i regnskogen.
– Om vi vill nå målet med nolltolerans på skogsavverkning till 2030 så måste vi registrera fler reservat för urbefolkningen, sade da Silva i samband med ett möte med representanter för urbefolkningen i huvudstaden Brasilia.