Försvinnandet ägde rum vid ett-tiden på måndagen.
Telefonen låg på en bänk i klassrummet och medan den 16-årige skolpojken gick iväg för att prata med sin lärare i fem minuter höll sig någon klåfingrig person framme.
Den stulna mobilen är en Apple Iphone 4 S. Den innehöll inget SIM-kort.