Den gripne har förts till sjukhus. Skadorna är inte livshotande enligt uppgifter till polisen.
– Det började med ett inbrott. Patrullen på plats blev hotad med ett tillhygge och avlossade då verkanseld, säger Mats Eriksson, presstalesperson på Stockholmspolisen.
Larmet om inbrottsförsöket på en liten gränd i Gamla stan kom klockan 7. Det är osäkert om inbrottet riktades mot en butik eller en bostad.
Brottsrubriceringen är stöld och försök till grov misshandel.
Polisen har enligt gällande rutiner anmält händelsen till åklagare vid avdelningen för särskilda utredningar, då polis avlossat sitt tjänstevapen.