Beskedet kommer efter en tid av anklagelser mot bolaget för att ha vilselett bland annat investerare och andra biltillverkare om sina tekniska framgångar.
Anklagelserna kom fram i en rapport från analysföretaget Hindenburg Research. Den redan nedtryckta aktien rasade över 30 procent efter nyheten.
Enligt bolaget har Trevor Milton avgått på eget initiativ. I hans ställe har Stephen Girsky, tidigare vice ordförande för General Motors och styrelseledamot i Nikola, utsetts till styrelseordförande.
"Nikola finns i mitt blod och kommer alltid att göra det, och fokus borde vara på företaget och dess världsomvälvande uppdrag, inte på mig", säger Trevor Milton i ett pressmeddelande.
Han nekar till alla anklagelser och har hotat att dra Hindenburg Research inför rätta.
Enligt Nikola har bolaget en dialog med USA:s finansinspektion (SEC) angående Hindenburgs rapport.