Fallet handlar om en kontroversiell sammanslagning av två Samsung-relaterade bolag 2015, som innebar att nu 52-årige Lee fick större inflytande i konglomeratets kronjuvel och ett av Sydkoreas dominerande bolag, Samsung Electronics.
Beskedet väntas innebära att Lee ställs inför rätta, men inte att han grips i nuläget. En domstol har redan sagt nej till en begäran om gripande.
Den kände företagschefen är även i delvis separat juridiskt blåsväder för att ha mutat personer nära den dåvarande presidenten Park Geun-Hye.